Por causa da sua base teórica, da diversidade do material e da natureza instrumental, o PEI é aplicado a uma ampla e significante gama de diferentes populações, desde privados culturalmente e indivíduos com dificuldades de aprendizagem até super-dotados, pacientes com danos cerebrais e psiquiátricos, na educação de adultos, assim como no treinamento de professores e com pais de crianças em risco. Os materiais do PEI podem ser usados em programas de educação especial assim como na educação regular.

O principal objetivo do PEI é promover a modificabilidade cognitiva e a adaptabilidade social do indivíduo, de forma a aumentar a sua capacidade de se beneficiar da exposição direta aos estímulos do ambiente e das experiências de vida.

Para ajudar a promover este objetivo central, seis sub-objetivos foram formulados:

Correção da funções cognitivas deficiêntes - O primeiro sub-objetivo do PEI é a correção das deficiências nos pré-requisitos cognitivos do pensamento operacional, ou seja, as funções cognitivas, que falharam no seu desenvolvimento, em grande parte como o resultado da falta de experiência de mediação ou por que o aprendiz foi incapaz de se beneficiar da mediação recebida. Para dar apenas alguns exemplos de como atingir este objetivo, o mediador irá ajudar o aprendiz a desenvolver adequadas estratégias de pensamento, restringir a impulsividade, ser preciso e sistemático na coleta de dados, identificar e definir problemas, selecionar indícios relevantes, planejar a sua ação e evitar o ensaio e erro, formar e confirmar hipóteses, buscar evidência lógica e refletir antes de responder.

Aquisição de vocabulário, rótulos diferenciados e conceitos relevantes às tarefas do PEI assim como para a resolução de problemas em geral - O segundo sub-objetivo consiste em equipar o aprendiz com linguagem e ferramentas verbais necessárias para a análise do processo mental internalizado, facilitando, consequentemente, o controle e o insight de seu funcionamento cognitivo. Além do domínio de conteúdo e linguagem da tarefa, o PEI visa equipar o aprendiz com um repertório linguístico rico e diferenciado de conceitos espaço-temporais, definições acuradas, e rótulos verbais precisos que representam as diferentes relações, operações mentais e funções cognitivas que formam a base de qualquer habilidade de resolver problemas.

Suscitação da motivação intrínsica através da formação de hábitos - Despertar a motivação intrínsica no aprendiz é considerado como um pré-requisito indispensável para qualquer intervenção que visa o desenvolvimento das habilidades de pensamento e do processo cognitivo, com o objetivo de prevenir o estado de contínua dependência do indivíduo em fontes externas de motivação as quais nem sempre são oferecidas pelo ambiente. Para alcançar isto, o PEI visa a formação e a consolidação do funcionamento cognitivo eficiente num conjunto de hábitos que tendem a emergir espontaneamente no comportamento do aprendiz, independentemente de qualquer necessidade externa.

Criação do insight e pensamento reflexivo - O quarto sub-objetivo consiste no despertar de consciência do aprendiz na implícita relação entre diferentes modos de raciocínio e o consequente resultado do seu funcionamento cognitivo. Ao invés da frequente tendência de atribuir a condições externas ou mero acaso tanto o fracasso quanto o sucesso, o mediador usa o PEI para ajudar a desenvolver no aprendiz uma orientação com relação a si mesmo e ao seu próprio processo mental os quais devem ser considerados responsáveis pelo comportamento adequado e inadequado.

Criação da motivação intrínsica pela tarefa - O quinto sub-objetivo está relacionado ao tipo de motivação que pode se originar da sensação de domínio de uma tarefa e do valor social que vem acompanhado ao sucesso desta realização. O PEI, intencionalmente desassociado do domínio familiar de conteúdos específicos e das disciplinas curriculares, ajuda o mediador a criar no aprendiz a motivação para envolver-se com tarefas que são consideradas atrativas e desafiadoras pelo prazer do sentimento de satisfação produzido por esta realização.

Mudança de um papel passivo e reprodutor para um papel ativo e gerador de novas informações - O sexto sub-objetivo do PEI se refere a necessidade de mudança da auto imagem do aluno, o qual frequentemente se percebe capaz apenas de registrar e reter informações, de fonte externa e de forma passiva, de maneira que ele possa conceber-se como pensador ativo, capaz de gerar novas informações com base numa adequada coleta e elaboração de dados.